История Голицынского пограничного института ФСБ России начинается с Первой школы погранохраны войск ОГПУ, созданной 14 ноября 1930 года в городе Новый Петергоф Ленинградской области. Она стала первым базовым учебным заведением пограничной охраны, на основе которого формировались пограничные школы в Харькове, Саратове и Москве. Первый выпуск офицеров Ново-Петергофской школы состоялся 20 апреля 1932 года.
20 апреля 1937 года, согласно приказу НКВД, школа реорганизовалась в Ново-Петергофское военное училище пограничной и внутренней охраны войск НКВД имени К.Е. Ворошилова, а с 7 марта 1938 года училище стало именоваться Ново-Петергофское военно-политическое училище пограничных и внутренних войск НКВД имени К.Е. Ворошилова.
Выпускники Первой Ново-Петергофской школы погранохраны войск ОГПУ / Ново-Петергофского военно-политического училища пограничных и внутренних войск НКВД им. К.Е. Ворошилова во второй половине 30-х годов участвовали в военных конфликтах у озера Хасан, в районе реки Халхин-Гол, в боях советско-финляндской войны.
В первые месяцы Великой Отечественной войны в училище состоялись три досрочных выпуска: для фронта было подготовлено более 2000 офицеров. Когда враг пытался захватить Ленинград, два курсантских батальона под командованием майора Шорина Н.А. и капитана Золотарева А.А. мужественно защищали подступы к городу. Задержав продвижение противника более чем на 2 недели, они дали возможность отходящим частям Красной Армии перегруппировать свои силы и подготовиться к обороне на новых рубежах.
Пятьдесят дней курсанты находились в непрерывных боях, защищая подступы к Ленинграду. Их героизм был отмечен высокой государственной наградой: 10 февраля 1943 года Указом Президиума Верховного Совета СССР за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте, мужество, стойкость и отвагу в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками училище было награждено орденом Красного Знамени.
В апреле 1942 года учебное заведение передислоцировано в Саратов, где в послевоенные годы продолжилась подготовка офицеров-политработников для войск НКВД.
3 октября 1967 года начался новый этап в деятельности учебного заведения. В соответствии с постановлением Совета Министров СССР было принято решение о создании Высшего пограничного военно-политического училища КГБ при СМ СССР. 16 ноября 1967 года издан приказ КГБ при СМ СССР «Об организации Высшего пограничного военно-политического училища КГБ и о строительстве комплекса зданий и сооружений военного городка в п. Голицыно Московской области».
К 1972 году строительство было завершено. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 13 марта 1972 года и постановлением Совета Министров СССР от 17 марта 1972 года Высшее пограничное училище признано правопреемником Военно-политического училища НКВД имени К.Е. Ворошилова. 3 ноября 1972 года училищу вручены Боевое Знамя части и орден Красного Знамени.
Преподавательский состав кафедр формировался из сотрудников Алма-Атинского и Московского пограничных училищ, офицеров из войск, выпускников военных академий. Первый набор осуществлен в 1972 году.
Деятельность командования и офицерско-преподавательского состава училища в 70-е годы была высоко оценена государством: Указом Президиума Верховного Совета СССР от 23 октября 1980 года за большие заслуги в подготовке высококвалифицированных кадров училище награждено орденом Октябрьской Революции.
Постановлением Правительства Российской Федерации от 30 августа 1993 года училище преобразовано в военный институт со сроком обучения 5 лет. Институт стал готовить офицеров по специальностям Юриспруденция и Социальная педагогика.
С 1997 по 2001 год в институте осуществлялся набор курсантов-девушек.
В 2000-е годы продолжилось совершенствование образовательного процесса в вузе. В связи с реформированием ФПС России, распоряжением Правительства РФ от 24 октября 2003 года вуз переименован в Голицынский пограничный институт Федеральной службы безопасности Российской Федерации.
В 2005 году в институте создана адъюнктура, в которой ведется подготовка научно-педагогических кадров для органов безопасности.
В сентябре 2008 года в г. Ставрополе начал образовательную деятельность филиал Голицынского пограничного института ФСБ России, где готовят специалистов (прапорщиков) со средним профессиональным образованием.
С 2011 года в рамках реализации нового федерального государственного образовательного стандарта высшего профессионального образования в институте осуществляется подготовка по специальностям Пограничная деятельность, Психология служебной деятельности, Правовое обеспечение национальной безопасности.
В январе 2012 года Институт прошел государственную аккредитацию.
