В истории образовательного учреждения просматривается несколько этапов.
Первый этап (1967-1992 гг.) связан с образованием и деятельностью единственного в Зауралье военно-учебного заведения – Курганского высшего военно-политического авиационного училища.
Второй этап (1992-1995 гг.) связан с перепрофилированием вуза в среднее военное авиационно-техническое училище (КВАТУ), осуществляющее подготовку техников для Военно-воздушных сил.
Третий этап (1995-2003 гг.) связан с образованием Курганского военного авиационного института ФПС России, в дальнейшем получившего название Курганский военный институт ФПС России. В вузе осуществлялась подготовка инженерного и летного состава для авиации ФПС России.
Четвертый этап (с 2003 г. по н.в.) связан с образованием Курганского пограничного института ФСБ России и началом подготовки кадров для органов безопасности.
